Ustawa nakłada na zamawiającego obowiązek przechowywania protokołu postępowania wraz z załącznikami przez cztery lata od dnia zakończenia postępowania o udzielenie zamówienia, w sposób gwarantujący jego nienaruszalność. W łatwiejszej sytuacji są zamawiający, którzy prowadzą postępowania na tzw. platformach komercyjnych – ustawa dopuszcza bowiem, że w przypadku prowadzenia postępowania o udzielenie zamówienia z wykorzystaniem narzędzi i urządzeń komunikacji elektronicznej udostępnianych przez inny podmiot zamawiający może powierzyć mu przechowywanie – w jego systemie teleinformatycznym – protokołu postępowania i załączników do tego protokołu. Warunkiem jest przekazanie zamawiającemu elektronicznej kopii wszystkich informacji i dokumentów związanych z takim postępowaniem. Jeżeli zamawiający nie prowadzi jednak postępowania, korzystając z narzędzi i urządzeń komunikacji elektronicznej udostępnianych przez inny podmiot, powinien wprowadzić zasady przechowywania dokumentacji (np. w regulaminie postępowania), mając na uwadze, że sam protokół (jak i część załączników) może być prowadzony w wersji papierowej, zaś inne dokumenty będą miały formę elektroniczną. Urząd Zamówień Publicznych wskazuje w komentarzu do ustawy, że protokół może być sporządzany zarówno w postaci papierowej, jak i elektronicznej – albo przy połączeniu tych dwóch form. Przechowywanie elektronicznych kopii protokołów i załączników z postępowania może odbywać się na informatycznych nośnikach danych (ze wskazaniem, że dysk przenośny jest bardziej trwały niż np. płyta CD, która też mogłaby być wykorzystywana do przechowywania protokołów, a łatwiej ją uszkodzić). W sytuacji kiedy część dokumentów składanych w postępowaniu objęta jest tajemnicą przedsiębiorstwa, tego typu informacje zabezpiecza się hasłem.
